造成蘇格蘭折耳貓耳朵折的原因是基因突變。而它的四肢、尾部和關節畸形，則與折耳顯性基因的出現如影隨形。即，兩只顯性折耳貓交配所生下的小貓，往往會存在先天性的骨骼缺陷，如尾巴僵硬、四肢無力或關節畸形。還有些小貓表面上看不出任何問題，但是到5、6個月后卻停止發育，演變成先天性佝僂癥，后全身衰竭死亡。
    為了避免這些悲劇的發生，純種貓的繁育者們經過幾十年的經驗積累確立了蘇格蘭折耳貓的繁育規則——兩只顯性基因的蘇格蘭折耳貓絕不允許交配繁育，盡管兩只折耳貓生出的小貓耳朵一定折得非常好，甚至比一般折耳貓的耳朵都更緊貼腦袋上，因為這種小貓其實是很危險的，很有可能尾巴直挺挺的沒有彈性，或者存在骨骼畸形等一系列不容易為人們所注意到的身體缺陷。